Program Indonesia’s Young Leaders terbuka untuk 30 mahasiswa yang sudah memiliki S1 dalam bidang kajian Islam dan ingin meneruskan ke program master. Program ini difokuskan pada metodologi penelitian dan terdiri atas disiplin ilmu klasik dan ilmu-ilmu sosial. Tujuannya adalah agar mahasiswa mampu secara kritis menganalisa masalah-masalah sosial dan keagamaan.

Para mahasiswa ini akan mengikuti program studi Islam di Leiden selama 18 bulan: 12 bulan masa perkuliahan dan 6 bulan untuk menulis thesis. Batas akhir pendaftaran untuk 10 peserta pertama adalah 15 oktober 2006. Setelah proses seleksi, mahasiswa bisa mengikuti kursus bahasa Inggris di Jakarta. Untuk 10 peserta MA yang pertama program studi akan di mulai pada bulan Februari 2006. Batas akhir pendaftaran untuk dua kelompok 10 peserta berikutnya adalah 15 maret 2007 (program di Leiden mulai bulan September 2007) dan 1 Februari 2008 (program studi di Leiden mulai bulan September 2008).